私はデスクトップパソコンは自作機が今２台ありますがほとんど使っていないので掃除はまったくしていません。
埃で問題になるのは埃が湿気を吸って、電子回路がショート状態になるかリーク電流が流れて、正常動作しなくなるということでしょう。
それほどまでにマザーやビデオカードに埃が付いているなら、掃除機のブロアで吹き飛ばせばいいと思います。
これによって電子回路の部品が損傷を受けることはまずありません。
しかし、埃を吹き飛ばすことによって、コネクタの接点部分などに逆に埃を吹き付ける事になると、接点不良を引き起こして、正常動作しなくなる可能性はあります。

また、吹き付ける風が強すぎて、コネクタの差込状態がゆるくなるような場合も動作しなくなる原因になります。
しかし、自作機の挿入しているコネクタは、掃除のついでに一度抜いて、接点復活剤（ムサシなどに売ってるスプレー式のもの）でスプレーしてティッシュなどで接点を磨いて刺しなおすことは逆にいい結果をもたらすと思います。

それほど怖がらずに掃除することです。ただし濡れたままとか、湿気を十分に乾かすことなく通電すると宜しくありません。

なおエアダスターなどは噴射することによって断熱膨張による結露が起こり、濡れた状態に一時的になりますので、電源を切ってコンセントを抜いた状態でやることです。これも十分に結露が蒸発して乾いてから電源を入れることです。

掃除とは関係のない話ですが、
おもてさんはデスクトップの自作パソコンを２台持っていてほとんど使っていないとのことで、私に言わせれば「何と勿体ない、実に勿体ない！」という感じです（笑）。

自作パソコンは、メーカー製のパソコンのようにぐじゃぐじゃ余計なものが入っていないので、軽くサクサク動くと思いませんか。
使わないでいても、日数の経過と共に各パーツの機能が劣化するとうことはないでしょうか。

せっかく自作したのなら、貧乏性の私から見れば、使わないのは勿体ないなぁという感じです。
不景気な話でスミマセン。

もったいない程でもありません。
CPUがもう古いものなので、Windows7を入れても辛うじて動作する程度。インターネットでWeb閲覧ぐらいなら出来ますが、何分にも古いCPUが乗るマザーボードは搭載メモリも余り大きくないので、マシンスペックに限界があります。
要するにケースと電源ユニット、HDDは使い回し出来ますが、マザーボード、CPU、メモリなどのパーツを最新のものにすると数万円掛かります。

今時のパソコンはノートPCかタブレットが主流で、省電力なので、デスクトップにもはや投資の必要を感じない。

自作機はAMDのAthlonから始まって10台余り作って色々と遊びましたが、その残骸が残っているということなのです。

今では自作機よりノートPCやタブレットの方が安いし便利だと、時代の流れを痛感しています。