第一神座・第二神座もしくは第一座・第二座と番号を振ります。
神道における神のランク・階級付けは神社ごとに違うケースが多いです。
神社には産土型(氏神や産土神を祀る範囲の狭い信仰のある神社)と勧請型(参拝者を集めて利益を上げるタイプの神社)があります。
そのため、神社によって「違う」のですが、
産土型の場合、一氏に由縁の深い神を主神とし、その主神に縁の深い神を合祀(一緒に祀ること)します。このときは主神を第一神座、それ以外を第二神座・第三神座と振り分けます。このとき、第一神座以外の神様の上下というのはあまり考えません。ここに天照大神を入れる時に第一神座に(真中)に据えてしまうと、それが氏神になってしまうので出来ませんね。
勧請型の場合、主に見られるのが天照大神系列・八幡神系列・稲荷系列でしょうか。これらは、その神社の主神を第一神座に置きます。
また、八幡・稲荷系列が天照大神を同時に祀ることは少ないですが、祀る場合には別格に扱うことが多い様です。
また、個人で神棚を祀る際にはそれこそ自由です。